地球上生存的动物已达一百五十万种以上。为了能正确地区别和更好地利用它们，必须对其进行科学的分类。动物学的分类系统通常是以动物形态上或解剖上的相似程度为依据的。和植物界一样，动物界也划分为若干个等级，如门、纲、目、科、属、种，而以种为分类的基本单位。现在动物还没有一个比较完善的分类系统，有的将它们分为33门，有的分为30门或28门。其中与药用动物有关的有10门，它们是（由低等到高等）：
    原生动物门（Protozoa）；
    多孔动物门（Porifera）又称海绵动物门（Spongia），药用动物如脆针海绵等；
    腔肠动物门（Coelenterata）药用动物如海蜇、珊瑚等；
    扁形动物门（Platyhelminthes）；
    线形动物门（Nemathelminthes）；
    环节动物门（Annelida）药用动物如蚯蚓、蜈蚣、东亚钳蝎、南方大斑蝥、中华蜜蜂等；
    软体动物门（Mollusca）药用动物如杂色鲍、马氏珍珠贝、三角帆蚌、长牡蛎、无针乌贼等；
    节肢动物门（Arthropoda）药用动物如东亚钳蝎、少棘巨蜈蚣、地鳖、大刀螂、黑蚱、南方大斑蝥、家蚕、中华蜜蜂等；
    棘皮动物门（Echinodermata）药用动物如海参、海胆等；
    脊索动物门（Chordata）药用动物如海马、蟾蜍、乌梢蛇、黑熊、梅花鹿、林麝、牛、赛加羚羊等?
    中药中药用种类较多的动物门有脊索动物门、节肢动物门和软体动物门，其次是环节动物门和棘皮动物门。
    动物的命名大多数也和植物命名一样采用林奈首创的双名法。由两个拉丁字或拉丁化的文字，分别表示动物学名的属名和种名，在学名后附加定名人的姓氏，如意大利蜂Apis mellifera Linn．。
    动物与植物命名不同之处，在于种内如有亚种时则采用三名法，亚种紧接在种名的后面，如中华大蟾蜍Bufo bufo gargarizans Cantor；如有亚属，则亚属名在属名和种名之间，并外加括号，如乌龟Chinemys（Geoclemys）reevesii（Gray）；若属名改变，则在定名人氏外加括号，如马氏珍珠贝Pteria martensii（Dunker）。一般不用变种、变型。
    拉丁学名中的属名、亚属名及命名人的第一个拉丁字母必须大写，其余均小写。