国务院《关于城镇医药卫生体制改革的指导意见》指出：“建立新的医疗机构分类管理制度。将医疗机构分为非营利性和营利性两类进行管理。国家根据医疗机构的性质、社会功能及其承担的任务，制定并实施不同的财税、价格政策。”
卫生部《城镇医疗机构分类登记暂行规定》第六条规定：核定为营利性医疗机构的，还应按照有关法律法规到工商行政管理、税务等部门办理相关登记手续。民政部、卫生部制定的《关于城镇非营利性医疗机构进行民办非企业单位登记有关问题的通知》规定了“为做好城镇非营利性医疗机构的登记管理工作，根据《民办非企业单位登记管理暂行条例》和《医疗机构管理条例》，各类城镇非营利性医疗机构(政府举办的非营利性医疗机构除外)在取得《医疗机构执业许可证》后，应当依法到民政部门进行民办非企业单位登记。” 
上述法规明确了我国现代医疗机构不再全部是非营利性机构，还有营利性医疗机构，在非营利性医疗机构中也不再全是公立的医院，民办的医疗机构具备一定条件也可以被注册为“民办非企业单位登记证”。营利性与非营利性医疗机构两者的运行模式是不同的，有时不易确定。
一、非营利与营利性医疗机构的概念与含义
　 非营利性医疗机构，是指为社会公共利益服务而设立和运营的医疗机构。它不以营利为目的，收入用于弥补医疗服务成本，实际运营中的收支结余只能用于自身的发展、改善医疗条件、引进先进技术、开展新的医疗服务项目等。多见于政府财政投资兴办的医疗机构，近年来也有社会捐资兴办；社会团体和其他社会组织举办；企事业单位设立的对社会开放的，且其总财产中的非国有资产份额占三分之二以上；国有或集体资产与医疗机构职工集资合办，且其总财产中的非固有资产份额占三分之二以上的和自然人举办的合伙或个体非营利性医疗机构。
营利性医疗机构是指医疗服务所得收益可用于投资者经济回报的医疗机构。它根据市场需求自主确定医疗服务项目并报卫生行政部门核准，参照执行企业财务、会计制度和有关政策。它依法自主经营，医疗服务价格放开，实行市场调节价，根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。多是个人资金或者合伙、合资兴办的医疗机构。
　 二、两者在实际运营中的主要区别
　　１．经营目的不同。营利性医疗机构运行的目标是为了追求利润最大化，对于收入的利润可以分红和用于回报投资者，赚钱是营利性医疗机构的最终目的。非营利性医疗机构虽然也有利润，但这些利润只能用于扩大医疗规模和自身发展、用于购买设备、引进技术、开展新的服务项目，或者用于向公民提供低成本的医疗卫生服务。运行的目标不是为了赚钱，而是为了实现特定社会目标，实现社会效益的最大化。
　　2、财政补贴政策不同。根据财政部、国家计委、卫生部《关于卫生事业补助政策的意见》规定，政府办的县及县以上非营利性医疗机构以定项补助为主，由同级财政安排。补助项目包括医疗机构开发和发展建设支出、事业单位职工基本养老保险制度建立以前的离退休人员费用、临床重点科学研究、由于政策原因造成的基本医疗服务亏损补贴。基本医疗服务原则上可以通过收费补偿。由于政策原因造成的亏损和除药品收支结余弥补后的差额，由财政给予补助。而营利性医疗机构则没有任何财政补助。
３、对于收费价格管理要求不同。营利性医疗机构提供的医疗服务实行市场调节价，医疗机构根据实际服务成本和市场供求情况自主制订价格。非营利性医疗机构提供的医疗服务实行政府指导价，医疗机构按照价格主管部门制订的基准价并在其浮动幅度范围内确定本单位的实际医疗服务价格。
4、税收政策不同。财政部、国家税务总局《关于医疗卫生机构有关税收政策的通知》(财税[２０００]４２号)明确规定了非营利性和营利性医疗机构的税收政策：对非营利性医疗机构的税收政策：(１)按照国家规定的价格取得的医疗服务收入，免征各项税收；不按照国家规定价格取得的医疗服务收入，不得享受这项政策。(２)从事非医疗服务取得的收入，如租赁、财产转让、培训、对外投资收入应按规定征收各项税收。非营利性医疗机构将取得的非医疗服务收入，直接用于改善医疗卫生服务条件的部分，经税务部门审核批准可抵扣其应纳税所得额，就其余额征收企业所得税。(３)对非营利性医疗机构自产自用的制剂，免征增值税。(４)非营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。(５)对非营利性医疗机构自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税。
　　对营利性医疗机构的税收政策：(１)该机构取得的收入，按规定征收各项税收。但为了支持营利性医疗机构的发展，对营利性医疗机构所取得的收入中直接用于改善医疗卫生条件的，自其取得执业登记之日起，三年内给予下列优惠：对其取得的医疗收入免征营业税；对其自产自用的制剂免征增值税；对其自用的房产、土地、车船，免征房产税、城镇土地使用税和车船使用税，三年免征期满后恢复征税。(２)营利性医疗机构的药房分离为独立的药品零售企业，应按规定征收各项税收。
5、机构终止业务后的处理方式不同。营利性医疗机构如经营不善而终止业务活动，投资者可以自行处置其剩余资产；而非营利性医疗机构在终止业务活动后，其剩余资产只能由社会管理部门或其他非营利性医疗机构处置。